Video: Ano ang isang BAM index file?
2024 May -akda: Lynn Donovan | [email protected]. Huling binago: 2023-12-15 23:54
A BAM file (. bam ) ay ang binary na bersyon ng isang SAM file . Isang SAM file (. sam) ay isang tab-delimited text file na naglalaman ng data ng pagkakahanay ng pagkakasunud-sunod. Pag-index : IGV ay nangangailangan na ang parehong SAM at BAM file ayusin ayon sa posisyon at na-index , at iyon ang index file sundin ang isang tiyak na kombensyon sa pagbibigay ng pangalan.
Gayundin, ang mga tao ay nagtatanong, paano ko magbubukas ng BAM file?
Galing sa file piliin ang menu Bukas at piliin BAM file mula sa kaliwang bahagi. Piliin ang button sa kanan na nagsasabing Add a BAM file . Mag-navigate sa BAM Pagsusulit Mga file folder na na-download mo piliin ang with_index_with_graph. I-click Bukas , piliin ang mapa.
Pangalawa, paano ko iko-convert ang isang BAM file sa Fastq? Nasa ibaba ang mga hakbang upang I-convert ang BAM File sa FASTQ na format. Ito ay gagana sa Linux at mangangailangan ng SAMTOOLS at BEDTOOLS
- I-download ang SAMTOOLS.
- I-extract gamit ang Command tar xzvf samtools-version.tar.bz2.
- Ito ay lilikha ng isang folder na may pangalang samtools-version.
- Ilipat sa direktoryo ng cd samtools-version.
Gayundin, paano ko iko-convert ang isang BAM file sa isang SAM file?
Upang i-convert si SAM sa BAM , ginagamit namin ang samtools view command. Dapat naming tukuyin na ang aming input ay nasa SAM na format (sa default, inaasahan nito BAM ) gamit ang -S na opsyon. Dapat din nating sabihin na gusto natin ang output BAM (bilang default ay gumagawa ito BAM ) na may opsyong -b.
Ano ang ginagawa ng view ng Samtools?
Samtools ay isang set ng mga utility na nagmamanipula ng mga alignment sa BAM na format. Nag-import ito mula at nag-e-export sa SAM (Sequence Alignment/Map) na format, ginagawa pag-uuri, pagsasama-sama at pag-index, at nagbibigay-daan upang mabilis na makuha ang mga nabasa sa anumang rehiyon. Samtools ay idinisenyo upang gumana sa isang stream.
Inirerekumendang:
Ano ang isang proseso sa isang operating system ano ang isang thread sa isang operating system?
Ang isang proseso, sa pinakasimpleng termino, ay isang executing program. Ang isa o higit pang mga thread ay tumatakbo sa konteksto ng proseso. Ang thread ay ang pangunahing yunit kung saan ang operating system ay naglalaan ng oras ng processor. Ang threadpool ay pangunahing ginagamit upang bawasan ang bilang ng mga applicationthread at magbigay ng pamamahala ng mga workerthread
Ang isang TIFF file ba ay isang vector file?
Ang TIF – (o TIFF) ay kumakatawan sa Tagged Image File Format at isang malaking raster file. Ang isang TIF file ay pangunahing ginagamit para sa mga imahe sa pag-print dahil ang file ay hindi nawawalan ng impormasyon o kalidad tulad ng isang JPEG. Ito ay isang vector based na file na maaaring maglaman ng teksto pati na rin ang mga graphics at mga guhit
Paano ko iko-convert ang isang tab delimited file sa isang csv file?
Pumunta sa menu ng File, piliin ang 'OpenCSVTab-Delimited File' (o pindutin lamang angCtrl+O), at pagkatapos ay mula sa bukas na dialog-box, piliin ang tab-delimited na file na bubuksan. Maaari mong kopyahin ang tab-delimited string sa clipboard at pagkatapos ay gamitin ang opsyon na 'Buksan ang Teksto Sa Clipboard'(Ctrl+F7)
Ano ang index at lumikha ng index sa SQL?
SQL CREATE INDEX Statement. Ang CREATE INDEX statement ay ginagamit upang lumikha ng mga index sa mga talahanayan. Ginagamit ang mga index upang kunin ang data mula sa database nang mas mabilis kaysa sa iba. Tandaan: Ang pag-update ng talahanayan na may mga index ay tumatagal ng mas maraming oras kaysa sa pag-update ng isang talahanayan nang walang (dahil ang mga index ay nangangailangan din ng pag-update)
Ano ang pagkakaiba sa pagitan ng isang clustering index at isang pangalawang index?
Pangunahing index: sa isang sunud-sunod na pagkakasunud-sunod na file, ang index na ang key sa paghahanap ay tumutukoy sa sequential order ng file. Tinatawag ding clustering index. Pangalawang index: isang index na ang key sa paghahanap ay tumutukoy sa isang order na iba sa sequential order ng file. Tinatawag ding non-clustering index